15年來斗六門診的服務不管質或量都已達到一定程度，門診病人的「疾病嚴重度」（CMI）甚至接近某些醫學中心，但受限於診所層級，某些服務無法開展，因此即使醫療大環境不佳，仍決定逆勢將診所改制為醫院，改制後檢驗、檢查、用藥等各項服務均能大幅提昇。斗六診所原本已有22個科別的門診，改制後除了增加更多診次，並增設手術室，包括骨科、外科、泌尿科、整形外科、耳鼻喉科的門診手術均可在此進行，毋需再轉至大林，節省病人往來奔波的麻煩。醫院初期設置30床病床，將與大林慈濟醫院及鄰近醫院、診所相互合作，因應健保政策，收治急性後期照護（PAC, post-acute care）患者或其他需長期住院、復健的病人，方便家人就近照顧。另外，也將全力配合衛福部或雲林縣政府，舉辦社區疾病篩檢及預防保健等業務，並期許日後能成為斗六地區開業醫師最堅強的後盾。

斗六慈濟醫院土地面積930坪，因應改制，半年多來，醫院建築從地板到天花板，全部都翻了一遍，增設消防設備、污水處理系統、病房設備等，即將以最完善的設備提供鄉親更好的服務。

簡瑞騰指出，雲林縣是全國老化及身障比例皆排名第二的縣市，雖然斗六是市區，但週邊鄉鎮仍是比較偏農業型的農村社會，患者年齡層偏高。為照顧老人及弱勢族群，斗六慈濟醫院將強化老人醫療及居家服務，加強就診的便利性與慢性病的照護。此外，也將結合在地的慈濟志工，舉辦更多的義診、往診、社區健康講座，將斗六慈濟醫院打造成一個「守護健康的好厝邊」。