大林慈濟醫院
嘉義慈濟門診部
花蓮慈濟醫院
臺北慈濟醫院
臺中慈濟醫院
玉里慈濟醫院
關山慈濟醫院
蘇州慈濟門診部
內科
● 家庭醫學科● 心臟內科● 肝膽腸胃內科● 風濕免疫科● 新陳代謝科 ● 胸腔內科● 一般內科● 神經內科● 腎臟內科
外科
● 一般外科● 心臟外科● 骨科● 整形外科● 泌尿科● 大腸直腸外科
獨立科系
● 婦產科● 復健科● 中醫科● 小兒科● 眼科● 視訊診● 身心醫學科● 耳鼻喉頭頸外科
其他單位
● 血液透析室● 長照管理中心● 居家護理所
1. 醫學遺傳學:染色體異常、基因檢驗、遺傳諮詢、罕見疾病2. 新陳代謝學:生長遲緩、性早熟、兒童糖尿病、甲狀腺疾病、先天性代謝異常